當時華潤的水泥業務就是中外合資的東莞水泥廠（100萬噸粉磨站）。雖是大股東，但華潤只負責籌資不參與管理。水泥廠1998年4月投產，生不逢時，遇上金融危機，1998年、1999年共虧損1億元。1999年底，華潤集團派出團隊正式接管東莞華潤水泥廠，從此開始譜寫華潤水泥控股的創業史。
2001年底，公司一舉拿下紅水河水泥，并在當年實現紅水河的扭虧為盈。紅水河2001年虧損800萬元，收購改革后2002年即盈利1200萬元，2003年盈利3300萬。并購給華潤水泥控股帶來了品牌、商譽等無形資產，并且迅速擴大了企業的規模以及在兩廣地區的市場占有率。
2003年7月，華潤水泥控股以介紹形式在香港上市，把華創旗下的混凝土業務剝離出來與水泥業務整合，華潤水泥控股的股票作為分紅給華創股東。上市后，通過不斷的新建收購等方式，開始在華南市場上嶄露頭角。
2005年，國家相繼出臺宏觀調控政策，時逢國內行業市場低迷，華潤水泥控股發展受到限制。于內，不能獲得華潤集團的大舉投資，否則股份就會超過75%的界限（香港聯交所的規定是公眾股份不能少于25%）；于外，公司已經失去融資能力，得不到資本市場的資金支持。為了將來獲逢更大的發展空間，先下市再上市，成為華潤水泥控股最理想的選擇。2006年7月，華潤集團決定華潤水泥控股私有化。
寶劍鋒從磨礪出，梅花香自苦寒來。退市后，華潤水泥控股積極探索發展之道，制定出明晰的“3+2”發展戰略，即資源掌控、資源轉化、資源分銷的生意模式和系統成本最低、區域市場領先的運營模式，終于在行業復蘇時搶得先機，贏得市場的口碑和聲譽。
1、重視資源掌控。掌控礦山資源是水泥業態的起點和經營成敗的關鍵。華潤水泥控股制定華潤水泥控股石灰石資源規劃，形成戰略布局，建立有效的資源優勢和資源壁壘，從源頭上弱化競爭對手。通過完成對西江沿線具有戰略意義的封開、平南、貴港、桂平等項目的布局，以及對南寧、紅水河、上思、陸川、富川、武宣、田陽、合浦等地石灰石資源的掌控，逐步構筑起資源壁壘。截至2009年底，華潤水泥控股在兩廣基本掌控石灰石資源共60.3億噸，且氧化鈣含量均在52%以上；根據公司現有的石灰石資源掌控量，按照年產熟料5000萬噸需求計算，華潤水泥控股可以使用100年以上。
2、提升資源轉化。在認真總結前期項目生產經驗的基礎上，華潤水泥控股逐步確立起建設即經營的理念，以日后運行導向和成本控制導向為出發點，取得了良好改革效果。同時，通過持續學習成長，技術創新等一系列措施，公司在擴大規模、效率提升、質量提升、節能減排等方面都取得了良好成效，并且形成協同優勢。2007-2009年，企業利潤及生產規模都取得了大幅提升：2008年，熟料產能全國排名從2007年的第9位上升到2008年第5位；窯運轉率達到90％以上，較2007年提高9％。2009年，水泥生產能力達到2850萬噸以上，較2008年增加74％；2007年 2009年，公司收入和純利潤的年復合增長率分別達到了36%和69%。